Uno de los problemas históricos de la fecundación in vitro ha sido el elevado porcentaje de partos múltiples que origina, debido a la implantación de varios embriones para asegurar el resultado, con lo que eso implica de riesgos para la madre y los niños. Las recomendaciones  de los últimos años por parte de autoridades sanitarias y sociedades científicas han limitado poco a poco  el número de embriones que se implantan.

A comienzos de diciembre de 2013, The New England Journal of Medicine publicaba un análisis de la Universidad Brown, de Estados Unidos, en el que se estimaba que en ese país más de un tercio de los gemelos y más de tres cuartos de los trillizos o más partos múltiples en 2011 fueron resultado de tratamientos de fecundación, sobre todo de los llamados tratamientos no-FIV (inducción de la ovulación y estimulación ovárica). El equipo analizó los nacimientos múltiples de 1962 a 1966 (antes de que estuvieran disponibles los tratamientos de fecundación) y de 1971 a 2011. Aunque se cuenta con datos de FIV desde 1997, no había datos fiables que reflejasen la contribución de los procedimientos no-FIV a los partos múltiples. Entre 1971 y 2011 la cifra de partos múltiples en Estados Unidos se duplicó del 1,8 al 3,5 por ciento. Y mientras los trillizos o más debidos a la FIV cayeron del 48 al 32 por ciento entre 1998 y 2011, el porcentaje de trillizos o más debido a procedimientos no-FIV creció del 36 al 45 por ciento en ese periodo. Los autores hacen una llamada de moderación con el uso de estas estimulaciones, pero reconocen que es más difícil controlarlas, a diferencia de la FIV, que puede limitar voluntaria o legalmente el número de embriones implantados (José Ramón Zarate. Diario Médico 16/22-XII-2013).